Les États européens devraient surveiller la grippe, le COVID-19 et le virus respiratoire syncytial tout au long de l'année, y compris pendant les mois d'été, afin de détecter plus rapidement de nouvelles variantes, des augmentations inattendues des infections et la pression sur les hôpitaux. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies propose un système commun qui regroupe des données sur les cas légers, les hospitalisations, les résultats de laboratoire et les caractéristiques génétiques des virus.
En bref
L'ECDC recommande que la surveillance des virus respiratoires se poursuive tout au long de l'année, car le SARS-CoV-2 ne s'est pas transformé en un virus exclusivement hivernal, et des épidémies de grippe et de virus respiratoire syncytial peuvent également survenir en dehors de la saison habituelle. Même pendant les périodes de faible incidence, les États devraient maintenir la capacité d'identifier, d'évaluer et de communiquer rapidement des signaux inhabituels.
Le système de base devrait combiner les informations reçues des médecins généralistes, des hôpitaux, des laboratoires et des équipes qui séquencent les virus. Les données doivent montrer non seulement combien de personnes tombent malades, mais aussi quelles catégories sont les plus exposées aux formes sévères, combien de patients arrivent en soins intensifs et si des variantes plus transmissibles ou plus résistantes aux traitements apparaissent.
L'ECDC considère que la surveillance dans les hôpitaux est essentielle et ne peut être remplacée par d'autres sources. Les États sont encouragés à suivre les patients hospitalisés pour infections respiratoires sévères, à enregistrer leur évolution et à combiner ces informations avec des tests pour la grippe, le SARS-CoV-2 et le virus respiratoire syncytial.
Les données des eaux usées, la mortalité, l'occupation des hôpitaux, la vente de médicaments, l'absentéisme et les rapports volontaires de la population peuvent compléter le système. Cependant, l'ECDC avertit que ces sources ne fournissent pas à elles seules des informations suffisantes sur l'âge des patients, la gravité de la maladie ou la variante virale et doivent être interprétées en conjonction avec les données médicales.
Les informations collectées doivent être utilisées pour des décisions concrètes, telles que le calendrier des campagnes de vaccination, les recommandations concernant les antiviraux, la préparation des lits et du personnel médical ou les mesures de protection pendant les périodes de transmission accrue. L'ECDC publiera des modules supplémentaires en 2026 et 2027 concernant la taille des systèmes, les seuils d'alerte, les dossiers médicaux électroniques et éventuellement la surveillance par les eaux usées.
Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a publié un nouveau cadre pour la surveillance intégrée des virus respiratoires dans l'Union européenne et l'Espace économique européen. Le document couvre principalement la grippe, le SARS-CoV-2, le virus respiratoire syncytial, connu sous l'acronyme VRS, et d'autres virus qui provoquent des infections respiratoires aiguës.
Les systèmes traditionnels suivaient souvent chaque virus séparément et se concentraient principalement sur la saison froide. L'ECDC recommande maintenant de rassembler les informations épidémiologiques et de laboratoire pour construire une image commune des infections respiratoires, des cas légers traités en médecine générale jusqu'aux hospitalisations, aux soins intensifs et aux décès.
Le nouveau cadre vise trois objectifs. Les autorités doivent surveiller où, quand et dans quels groupes les maladies respiratoires se propagent, suivre les modifications génétiques et biologiques des virus et évaluer le fardeau de la maladie, l'efficacité des vaccins et l'impact des interventions de santé publique.
Les médecins généralistes et d'autres services de santé primaire peuvent fournir les premiers signaux concernant l'augmentation de la circulation des virus dans la communauté. Une partie des patients présentant des symptômes de grippe ou d'infection respiratoire aiguë devrait être testée selon des protocoles communs, afin que les autorités puissent estimer quels virus provoquent les maladies et à quelle vitesse elles se propagent.
L'ECDC accorde une importance particulière à la surveillance des cas graves dans les hôpitaux. Les systèmes devraient inclure les patients hospitalisés pour infections respiratoires aiguës sévères, enregistrer l'âge, les comorbidités, l'hospitalisation en soins intensifs, la sortie ou le décès et associer ces informations aux résultats des tests.
Surveiller uniquement les tests positifs dans les hôpitaux peut donner une image incomplète, car les pratiques de test varient entre les hôpitaux, les périodes et les catégories de patients. L'ECDC préfère un système dans lequel les patients sont inclus selon une définition clinique standardisée de la maladie respiratoire sévère, et le test pour plusieurs virus est intégré dans la surveillance.
Les laboratoires doivent maintenir la capacité d'identifier les types et sous-types de virus grippaux et de séquencer la grippe, le SARS-CoV-2 et le VRS. Ces analyses peuvent détecter de nouvelles lignées génétiques, des modifications qui affectent la transmission ou la gravité et d'éventuelles différences entre les virus circulants et la composition des vaccins.
L'ECDC recommande l'utilisation de tests PCR multiplex, qui peuvent détecter simultanément plusieurs virus respiratoires. Tous les échantillons positifs pour la grippe provenant des centres de surveillance devraient être typés et sous-typés, y compris pour détecter des virus grippaux inhabituels, d'origine animale, qui peuvent apparaître en dehors de la saison.
Les États qui ne peuvent pas réaliser certaines analyses complexes devraient envoyer des échantillons à des laboratoires européens ou à des centres de référence de l'Organisation mondiale de la santé. L'échange d'échantillons et de données permet d'évaluer les risques à l'échelle européenne même si une nouvelle variante apparaît initialement dans un petit nombre de pays.
La surveillance doit être maintenue même en été. L'ECDC indique que le SARS-CoV-2 n'a pas actuellement de modèle exclusivement saisonnier, et des épidémies de grippe et de VRS peuvent survenir en dehors des mois d'hiver. Les virus grippaux détectés en été peuvent fournir des indices sur la saison suivante et sur la manière dont les vaccins s'adaptent aux souches qui commencent à circuler.
Les États avec des ressources limitées peuvent réduire l'intensité de certaines activités pendant les périodes calmes, mais doivent maintenir un niveau minimal de surveillance et la capacité d'étendre rapidement les tests. L'ECDC recommande que la surveillance dans les hôpitaux soit protégée même pendant les périodes de budgets ou de personnel limités, car elle ne peut pas être facilement remplacée par d'autres systèmes.
Les données principales peuvent être complétées par la surveillance de la mortalité, des foyers dans les maisons de retraite et d'autres institutions, des virus dans les eaux usées et des symptômes rapportés volontairement par des plateformes numériques. Les informations sur l'occupation des hôpitaux, la couverture vaccinale, l'efficacité des vaccins, la vente de médicaments et l'absentéisme dans les écoles ou les lieux de travail peuvent fournir des signaux supplémentaires.
Les eaux usées peuvent montrer qu'un virus circule dans la communauté avant que le changement ne devienne visible dans les données cliniques. Cependant, cette méthode ne peut pas indiquer à elle seule l'âge des personnes infectées, la gravité de la maladie, les facteurs de risque ou la variante exacte et doit être combinée avec le test des patients et la caractérisation des virus.
L'ECDC inclut parmi les sources supplémentaires les recherches sur Internet, les publications sur les symptômes, les achats de médicaments pour la fièvre ou la toux et l'augmentation de l'absentéisme. Ces signaux peuvent indiquer une intensification de la transmission, mais peuvent être influencés par l'intérêt public et les reportages dans la presse et ne confirment pas à elles seules l'existence d'une épidémie.
Les données doivent être transformées en décisions pratiques. Les autorités peuvent les utiliser pour déterminer quand commencer les campagnes de vaccination, quels groupes doivent être prioritaires, quand les médecins doivent être informés sur l'utilisation des antiviraux et comment les hôpitaux se préparent à un afflux de patients.
La planification des hôpitaux peut inclure la réservation de lits, l'organisation des services respiratoires, la protection du personnel, l'extension des tests et la préparation des unités de soins intensifs pour les enfants. Les recommandations à la population peuvent inclure l'hygiène des mains, l'évitement des foules, le port du masque dans certaines situations et des mesures supplémentaires pour les groupes vulnérables.
L'ECDC considère les dossiers médicaux électroniques et l'intelligence artificielle comme des outils qui peuvent accélérer la collecte et l'analyse des informations. L'automatisation pourrait réduire la dépendance à la déclaration manuelle des médecins et pourrait maintenir les systèmes fonctionnels pendant les périodes où les hôpitaux sont très sollicités.
L'agence avertit que les données électroniques varient d'un État à l'autre, et que les informations collectées pour le traitement des patients ne sont pas toujours complètes ou comparables pour la surveillance. L'utilisation de l'intelligence artificielle soulève également des questions concernant la protection des données, la gouvernance et la validité des méthodes.
Le cadre publié en juillet 2026 est le premier module d'un système qui sera
complété progressivement. L'ECDC prévoit de publier au cours de l'année des modules concernant le nombre et la fréquence des échantillons à analyser et les seuils utilisés pour identifier les épidémies, et pour 2027, il prépare des orientations concernant la surveillance basée sur des dossiers médicaux électroniques.
Le document permet à chaque État d'adapter le système à la structure des services médicaux, aux ressources et aux risques locaux, mais exige l'utilisation de définitions et de méthodes suffisamment proches pour que les données puissent être comparées au niveau européen. L'ECDC publie chaque semaine les informations transmises par les États dans un résumé européen concernant les virus respiratoires.
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