In den ersten Stellungnahmen nach dem Unfall deutete der spanische Verkehrsminister Óscar Puente an, dass ein „menschlicher Fehler“ zur Tragödie beigetragen haben könnte. Er sagte, dass das Signalsystem LZB gegen 08:30 Uhr ausgefallen sei, wodurch sechs Züge in der Region automatisch zum Stillstand gebracht worden seien, und dass das Kontrollzentrum wenige Minuten später die Weiterfahrt eines Zuges genehmigt habe – eine Entscheidung, die Puente als „unerklärlich“ bezeichnete und die möglicherweise mit einem menschlichen Fehler zusammenhänge.
Parallel dazu berichtete die Zeitung „El País“, dass „die 17 Minuten“ ungeklärt geblieben seien, in denen laut der Rekonstruktion niemand im Kontrollzentrum bemerkt haben soll, dass sich ein Zug einer Kollision näherte, was weitere Fragen darüber aufwarf, wie die Situation in Echtzeit gehandhabt wurde.