欧盟于2025年开始过渡到一个数字化的申根边境控制系统，通过逐步推出入境/出境系统（EES）和由eu-LISA管理的第一个大型共同生物识别服务。负责自由、安全和司法领域大型IT系统的欧洲机构在其年度报告中指出，EES于2025年10月12日逐步投入运营，所有边境检查站的全面实施预计在2026年4月10日完成。
简而言之 EES于2025年10月12日开始逐步运行。
该系统取代了护照的手动盖章，改为电子记录进入和离开申根区。
共同生物识别服务sBMS于2025年5月为VIS投入运营，并于2025年10月为EES投入运营。
在2025年，EES记录了8180起来自第三国公民的入境拒绝和283个撤销的居留许可。
eu-LISA的报告还提到ECRIS-TCN和共同调查小组平台的延迟。
EES改变了对进入申根区的非欧盟公民的控制方式，以进行短期居留。系统电子记录入境、出境和入境拒绝，取代了手动在护照上盖章的方式。其目的是更清晰地核查180天内的90天规则，并识别超期逗留的人。
eu-LISA的报告显示，EES的推出是通过实施计划、测试演习和与其他欧洲系统（包括VIS和共同生物识别服务）的协调来准备的。逐步启动使成员国和运输公司能够逐步适应新程序，而不是在所有边境检查站突然切换。
在2025年，EES投入运营后，系统的可用性为98.13%，发生了三起重大事件。该系统记录了8180起来自第三国公民的入境拒绝，其中31%与居留目的和条件不合理有关，25%与在六个月内超过三个月的限制有关。此外，还记录了283个撤销的居留许可和479个延长的居留许可。
共同生物识别服务sBMS是新欧洲互操作性架构的第一个实际投入生产的元素。它允许多个欧洲系统进行共同的生物识别验证，并于2025年5月19日至20日开始为签证信息系统（VIS）运行，然后在10月为EES运行。eu-LISA将4500万条历史生物识别数据从旧的VIS生物识别系统迁移到sBMS。
VIS已连接到sBMS和EES，以便领事和边境当局能够更好地验证身份和签证的有效性。在2025年，VIS存储了4970万份签证申请、4570万份指纹集和4960万张面部图像。该系统处理了2.78亿次操作，比2024年增长了7.3%。
申根信息系统（SIS）仍然是eu-LISA管理的最大操作系统，涉及人员和物品的警报。在2025年，SIS包含9460万条警报，其中200万条涉及人员，9260万条涉及物品。搜索次数达到177亿，比2024年增长了18%。
边境的数字化转型还通过ETIAS继续进行，该系统要求免签证的第三国公民在旅行前需要电子授权。在2025年，eu-LISA启动了基本功能的合规性测试，更新了中央模拟器，并开始开发支持工具，包括聊天机器人和支持第三国公民的工具。
报告还提到与Frontex和欧洲委员会共同开发的公共网站“Travel to Europe”。该网站的静态部分于2025年7月上线，提供有关国际旅行新规则的信息。关键信息以27种语言提供给EES，以30种语言提供给ETIAS。
在移民和庇护领域，eu-LISA准备了新的Eurodac，以实施移民和庇护协议。新系统将使Eurodac转变为一个更全面的庇护和移民数据库，包括字母数字数据和面部图像，而不仅仅是指纹。关键功能的投入运营预计在2026年6月12日。
报告还包括延迟。eu-LISA管理委员会遗憾地指出，联合调查小组平台未能在2025年12月投入运营。该平台应促进司法当局、执法机构、欧洲刑警组织、欧洲司法机构、欧洲检察院和OLAF在跨境调查中的信息和证据交换。
另一个延迟涉及ECRIS-TCN，这是一个关于第三国公民在欧盟的犯罪记录信息交换的欧洲系统。eu-LISA在2025年完成了ECRIS参考系统的重大升级，并开始与成员国进行合规性测试，但ECRIS-TCN的技术准备在2025年未能完成。
该机构在2025年管理了3.11亿欧元的承诺信贷和3.381亿欧元的支付信贷，均来自欧盟的贡献。承诺和支付的执行率为100%，在经过4700万欧元的预算调整后，其中4100万欧元与EES的逐步投入运营有关。
eu-LISA在2025年获得了EMAS认证，但该机构的碳足迹增加了54%，达到7761吨二氧化碳当量。报告解释了这一增长的原因，包括许可证和硬件的采购、新建筑、模块化数据中心、基础设施的更高使用率以及sBMS、VIS和EES等大型系统的实施。
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