La fatturazione elettronica genera costi e problemi tecnici per le PMI, senza che siano chiari i benefici per il bilancio dello Stato.

Dalle difficoltà tecniche e dai costi aggiuntivi per gli imprenditori agli interrogativi sull'efficacia del sistema nella lotta all'evasione fiscale, la fatturazione elettronica solleva interrogativi. Se l'ANAF non ha la capacità tecnica di controllare i milioni di fatture elettroniche in tempo reale, gli sforzi per la conformità della fattura elettronica saranno vani.