L'ECDC avertit sur la propagation des bactéries résistantes aux antibiotiques de dernier recours dans les hôpitaux européens
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La plus vaste étude génomique européenne sur les Enterobacterales résistants aux carbapénèmes et/ou à la colistine montre des signaux d'aggravation pour Klebsiella pneumoniae et Escherichia coli. Les données proviennent de plus de 300 hôpitaux dans 36 pays et indiquent la nécessité d'une surveillance génomique plus forte.
Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies annonce qu'une étude génomique réalisée dans plus de 300 hôpitaux de 36 pays indique des signaux d'aggravation de la propagation de bactéries résistantes aux antibiotiques de dernier recours.
En résumé
L'étude est la plus vaste enquête génomique européenne réalisée jusqu'à présent sur les Enterobacterales résistants aux carbapénèmes et/ou à la colistine.
Les données ont été collectées en 2019 dans plus de 300 hôpitaux de 36 pays.
Pour Klebsiella pneumoniae, l'étude montre la poursuite de la circulation de lignées à haut risque et l'apparition d'évolutions préoccupantes.
Pour Escherichia coli, l'ECDC signale le risque que les formes résistantes aux carbapénèmes deviennent endémiques en Europe si de nouvelles mesures de santé publique ne sont pas appliquées.
La collecte de données pour la troisième étude européenne sur les Enterobacterales résistants aux carbapénèmes, CRE25, est en cours.
Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a annoncé la publication des résultats de la plus vaste étude génomique européenne réalisée jusqu'à présent sur les Enterobacterales résistants aux carbapénèmes et/ou à la colistine, CCRE.
L'étude offre la représentation génomique la plus complète disponible jusqu'à présent sur ces bactéries dans les hôpitaux d'Europe.
Les Enterobacterales résistants aux carbapénèmes sont considérés comme des agents pathogènes de priorité critique, car ils peuvent provoquer des infections difficiles à traiter, avec des options thérapeutiques limitées et un développement insuffisant de nouveaux antibiotiques.
Les résultats de l'étude ont été publiés dans la revue Lancet Microbe, par des articles séparés concernant Klebsiella pneumoniae et Escherichia coli, et dans un rapport détaillé de l'ECDC.
L'étude a été coordonnée par l'ECDC, en collaboration avec l'Agence de santé publique de Suède et le Centre for Genomic Pathogen Surveillance de l'Institut des sciences pandémiques de l'Université d'Oxford.
L'enquête a inclus des données épidémiologiques, microbiologiques et des données obtenues par séquençage de l'ensemble du génome, collectées en 2019 dans plus de 300 hôpitaux de 36 pays.
L'ECDC décrit l'étude comme le deuxième grand exercice européen structuré de surveillance génomique après l'Enquête européenne sur les Enterobacteriaceae productrices de carbapénémases, EuSCAPE, réalisée en 2013-2014.
La nouvelle étude marque le passage d'évaluations épidémiologiques antérieures à une surveillance génomique intégrée au niveau européen.
L'initiative ne s'est pas limitée à la collecte de données. Les pays participants ont subi des évaluations de capacité, des formations et des exercices externes d'assurance qualité, pour soutenir la mise en œuvre des méthodes génomiques dans les laboratoires nationaux de référence.
L'ECDC affirme que cet effort coordonné a permis à de nombreux pays européens d'avancer vers une surveillance génomique de routine de la résistance antimicrobienne.
La capacité des laboratoires nationaux de référence participants au réseau EURGen-Net a également été soutenue par des initiatives plus larges de la Commission européenne, y compris HERA Incubator, le projet EURGen-RefLabCap, le soutien par le programme EU4Health et le programme de formation ECDC GenEpi-BioTrain.
Pour Klebsiella pneumoniae, l'étude CCRE montre que des lignées à haut risque résistantes aux carbapénèmes, déjà identifiées lors de l'EuSCAPE, ont continué à circuler dans les hôpitaux européens.
L'ECDC signale également des changements préoccupants pour Klebsiella pneumoniae, y compris l'acquisition plus fréquente de gènes de carbapénémase par des lignées à haut risque, l'expansion de nouvelles lignées émergentes à haut risque et la propagation accrue d'isolats portant des gènes de virulence.
Pour Escherichia coli, l'étude indique plusieurs signaux d'alerte concernant l'aggravation de la situation épidémiologique en Europe.
Ces signaux incluent l'acquisition plus fréquente de gènes de carbapénémase par des types de séquence à haut risque et une propagation clonale plus importante de certaines lignées multirésistantes.
Un résultat important est la détection accrue d'isolats d'Escherichia coli portant le gène de carbapénémase NDM-5.
L'ECDC affirme que ces résultats suggèrent un risque élevé que les Escherichia coli résistants aux carbapénèmes deviennent endémiques en Europe si des mesures supplémentaires de santé publique ne sont pas mises en œuvre.
Pris ensemble, les résultats montrent des modèles épidémiologiques hétérogènes, mais de plus en plus préoccupants. La situation varie d'un pays à l'autre, allant de cas sporadiques à une circulation endémique.
L'ECDC souligne que les données génomiques sont essentielles pour suivre la propagation de la résistance antimicrobienne en Europe.
L'étude offre également des données de référence pour de futures recherches sur Klebsiella pneumoniae et Escherichia coli résistants aux carbapénèmes.
La collecte de données pour la troisième étude européenne sur les Enterobacterales résistants aux carbapénèmes, CRE25, est en cours.
CRE25 utilise un protocole d'échantillonnage simplifié et un rapport rapide, soutenu par la capacité accrue de séquençage de l'ensemble du génome dans les laboratoires nationaux de référence.
La résistance antimicrobienne est l'une des principales menaces pour la santé publique, car elle réduit l'efficacité des traitements existants et peut transformer des infections traitables en infections avec des options limitées.
Les carbapénèmes sont des antibiotiques couramment utilisés comme options de dernier recours pour les infections bactériennes sévères. La colistine est également utilisée dans des situations où d'autres traitements ne sont plus efficaces.
Les Enterobacterales incluent des bactéries telles que Klebsiella pneumoniae et Escherichia coli. Certaines souches peuvent acquérir des gènes de résistance qui les rendent difficiles à traiter et qui peuvent se propager entre hôpitaux, patients et pays.
La surveillance génomique permet une identification détaillée des lignées bactériennes, des gènes de résistance et des modèles de transmission. Pour les autorités sanitaires, cette information peut soutenir des réponses plus rapides et mieux ciblées.
Grâce à EURGen-Net et aux programmes européens de soutien aux laboratoires nationaux, l'ECDC vise à renforcer la capacité des États à détecter et à surveiller les bactéries résistantes aux antibiotiques de manière comparable à l'échelle européenne.
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