事故後の最初の声明で、スペインの運輸相Óscar Puente氏は、「人為的ミス」が悲劇の発生に寄与した可能性を示唆した。同氏によると、信号システムLZBは08:30頃に故障し、その地域にいた6本の列車が自動的に停止した。その数分後、管制センターは列車1本の運行再開を許可したが、Puente氏はこの判断を「説明のつかないもの」と呼び、人為的なミスに関係している可能性があると述べた。
これと並行して、新聞「El País」は、再構成によれば、列車が衝突に近づいていたことを管制センターの誰も把握していなかったとされる「17分間」が依然として解明されておらず、リアルタイムで状況がどのように管理されていたのかをめぐる疑問を生んでいると報じた。